Aujourd'hui, l'hypnose ouvre de nouvelles pistes pour la compréhension de l'esprit humain, et plus largement refond notre vision de celui-ci. On constate depuis ces dix dernières années, avec l'avancée en neurologie (entre autres l'IRM), que l'étude sur l'hypnose a avancé, tout comme sur le sommeil. On a pu faire des rapprochements au niveau de certaines activités cérébrales sur un sujet en état d'hypnose et constater les différentes régions en activité par rapport à diverses activités pendant différentes phases de sommeil.
Pendant l'hypnose la zone correspondant au sens analytique critique reste active, mais altérée par la zone cérébrale du rêve et de l'imagination qui la domine.
Les études de neurosciences commencent depuis quelques années à s'intéresser à l'hypnose. Certaines ont montré qu'en transe hypnotique,l'activité cérébrale est différente de l'état de veille et du sommeil. Par exemple, dites « Rappelez-vous un agréable souvenir dans votre enfance » à un sujet éveillé, les fonctions d'association et d'abstraction s'activent naturellement dans le cerveau. Dites cette même phrase à une personne en hypnose, et immédiatement les fonctions motrices, sensorielles et oculaires s'activent dans son cerveau.
En 1998, une équipe scientifique française a prouvé l’existence d’un état physiologique propre à l’hypnose. Les images prises par tomographie par émission de positron (TEP) montrent une réelle différence d’au moins quatre zones du cerveau, par rapport à l’état de veille ordinaire, celui de rêverie éveillée ou même de visualisation.
Enfin, le précunéus, servant à l’imagerie mentale, est totalement désactivé et l’électrooculogramme révèle des mouvements des yeux impossibles à simuler à l’état de veille ordinaire. Les zones cérébrales activées pendant l’hypnose sont majoritairement situées dans l’hémisphère gauche, ce qui correspond à un processus de reconstruction d’images mentales, puis de mise en mouvements et de maintient de ces images.
Le fait que le précunéus (imagination) soit désactivé pendant l'hypnose et que, pourtant, la personne vive une expérience intérieure très vive en images, en pensées et en émotions, tend à prouver l'accès hypnotique à ce que les psychologues appellent l'inconscient.